EID-käsilugejat saab kasutada mis tahes looma skaneerimiseks, kellel on EID-märgis. Pärast identifitseerimist saab seadet kasutada andmete sisestamiseks, nagu kehamass, toitumuse skoor jm. Sõltuvalt seadmest saab sisestada rohkem teavet, nt ravi, pesakonna suurus, põlvnemisandmed, poegimisraskused jne. Seejärel laaditakse andmed üles tarkvarapaketti, st andmebaasi, mida saab vaadata ja uuendada.